Проведение программных мероприятий требует значительных средств из различных источников финансирования, включая областной бюджет и бюджеты муниципальных образований, экологический фонд и средства предприятий.
Объем финансирования Программы на 1999 - 2015 год составляет 34966,2 тыс. рублей, 15,5% которых обеспечивается за счет средств областного бюджета, 40,8% из бюджетов муниципальных образований, 7,6% из средств областного бюджета, предусмотренных на природоохранные мероприятия и 36,1% за счет средств предприятий.
Финансирование отдельных мероприятий может осуществляться за счет привлечения средств юридических и физических лиц, в том числе международных фондов.