Основополагающими принципами организации системы управления реализацией Программы являются:
обеспечение нормативного, методического и информационного единства Программы (формы контрактов и процедуры мониторинга выполнения мероприятий Программы);
обеспечение участия в управлении реализацией Программы заявленных исполнителей.
Координатором Программы выступает комитет, который разрабатывает в пределах своих полномочий акты, необходимые для выполнения мероприятий Программы, готовит и публикует в средствах массовой информации ежегодные доклады о ходе реализации Программы, осуществляет постоянный мониторинг программной деятельности, утверждает состав и проблематику заседаний общественных советов по направлениям реализации Программы, привлекает институты гражданского общества к реализации мероприятий Программы, несет ответственность за своевременную и качественную реализацию мероприятий Программы, обеспечивает эффективное использование средств, выделяемых на ее реализацию.
Каждый год разрабатывается и утверждается сетевой план-график, в соответствии с которым составляются планы работ исполнителей, осуществляется мониторинг выполнения мероприятий Программы и достижения запланированных значений показателей.
Ряд мероприятий Программы может осуществляться с привлечением средств федерального бюджета, выделяемых на федеральные комплексные проекты. В этом случае заключаются соответствующие соглашения. Ответственность за целевое использование бюджетных средств несет комитет.