5.1. Положение о департаменте транспорта, штатная численность и фонд оплаты труда утверждаются постановлением губернатора Костромской области.
5.2. Департамент транспорта возглавляет начальник департамента, назначаемый на должность и освобождаемый от должности губернатором Костромской области.
5.3. Начальник департамента транспорта:
5.3.1. Осуществляет руководство деятельностью департамента транспорта на основе единоначалия и несет персональную ответственность за выполнение возложенных на департамент задач и осуществление функций;
5.3.2. Назначает на должность и освобождает от должности заместителей по согласованию с первым заместителем главы администрации области, координирующим и контролирующим деятельность департамента транспорта;
5.3.3. Распределяет обязанности между своими заместителями;
5.3.4. Назначает и освобождает от должности государственных гражданских служащих, принимает и увольняет работников департамента и устанавливает степень их ответственности за порученные участки и направления работы, утверждает их должностные регламенты;
5.3.5. Издает приказы и иные акты в пределах полномочий департамента, организует и проверяет их исполнение;
5.3.6. Утверждает штатное расписание и структуру департамента транспорта в пределах установленной предельной численности и фонда оплаты труда, а также смету расходов на содержание в пределах ассигнований, предусмотренных в областном бюджете на эти цели;
5.3.8. Ходатайствует в установленном порядке о награждении особо отличившихся работников департамента транспорта и работников организаций транспортного комплекса наградами Российской Федерации и Костромской области;
5.3.9. Осуществляет в установленном порядке полномочия по защите сведений, относящихся к государственной тайне;
5.3.10. Организует обеспечение текущей деятельности департамента транспорта, ведение делопроизводства, архива, организацию документооборота, содержание и обслуживание имущества, находящегося на праве оперативного управления.
5.4. Финансирование расходов на содержание департамента транспорта осуществляется за счет средств областного бюджета.
5.5. Департамент транспорта наделяется на праве оперативного управления государственным имуществом, являющимся собственностью Костромской области, в порядке, установленном действующим законодательством.