Основными задачами департамента транспорта являются:
2.1. Формирование и проведение в транспортном комплексе единой экономической, инвестиционной, тарифно-ценовой, информационной, научно-технической и социальной политики, разработка и внедрение экономических и правовых механизмов ее реализации в целях создания условий для эффективного функционирования и развития транспортного комплекса, формирования и развития конкурентной среды на рынке транспортных услуг, развития рынка сервисных и других услуг, связанных с деятельностью на транспорте.
2.2. Организация транспортного обслуживания населения в межмуниципальном сообщении автомобильным, железнодорожным, внутренним водным и воздушным транспортом в пределах своих полномочий.
2.3. Мониторинг состояния транспортного комплекса области и прогнозирование его развития, анализ рынка транспортных и иных услуг, связанных с деятельностью на транспорте в Костромской области.
2.4. В пределах своих полномочий координация действий исполнительных органов государственной власти Костромской области и осуществление контроля за деятельностью хозяйствующих субъектов транспортного комплекса в целях обеспечения безопасного, устойчивого и эффективного функционирования транспортного комплекса области.
2.5. Содействие повышению эффективности работы транспортного комплекса области путем оказания различных форм государственной поддержки перевозчикам и иным субъектам транспортного комплекса Костромской области.
2.6. Обеспечение эффективного использования средств областного бюджета и объектов государственной собственности области для решения транспортным комплексом социально-экономических задач в Костромской области.