Основными задачами Департамента являются:
2.1. Проведение единой государственной политики в агропромышленном комплексе Костромской области.
2.2. Содействие развитию предпринимательства, кооперации, агропромышленной интеграции, организации рынка сельскохозяйственной продукции, сырья и продовольствия, обеспечению защиты интересов отечественных товаропроизводителей в сфере агропромышленного производства, созданию благоприятного инвестиционного климата.
2.3. Разработка и реализация предложений по созданию организационно-экономических, финансовых и правовых условий функционирования предприятий и организаций агропромышленного комплекса всех форм собственности, включая личные подсобные хозяйства граждан, садоводов и огородников.
2.4. Содействие внедрению в агропромышленное производство достижений науки и передового опыта.
2.5. Содействие организациям агропромышленного комплекса, осуществляющим свою деятельность на территории Костромской области, в вопросах кадрового обеспечения, подготовки и повышения квалификации руководителей и специалистов.
2.6. Выработка региональной политики и регулирование отношений в области охраны, воспроизводства и использования объектов животного мира и водных биологических ресурсов и среды их обитания на территории Костромской области.
(п. 2.6. дополнен постановлением губернатора Костромской области N 253 от 07.06.2007 года)