Финансирование Программы осуществляется за счет средств областного бюджета, в т.ч. субсидии из федерального бюджета на реализацию проектов и мероприятий административной реформы в Белгородской области. Предусматривается софинансирование отдельных мероприятий программы за счет средств местных бюджетов.