Основным направлением деятельности комиссии по контролю за эффективным использованием земель сельскохозяйственного назначения является координация действий органов, причастных к регулированию земельных отношений, по осуществлению государственного контроля за использованием и охраной земель сельскохозяйственного назначения, самостоятельное выявление нарушений земельного законодательства и выработка мер по их устранению, а в случае необходимости, выработка предложений по перераспределению земель.