Механизм реализации Программы основан на скоординированных действиях исполнителей и участников программных мероприятий по достижению намеченных целей. Выполнение мероприятий Программы предусматривается осуществлять на основе открытости, добровольности и взаимной выгоды, что обеспечивает широкие возможности для участия всех заинтересованных юридических и физических лиц.
В рамках своих полномочий территориальные органы федеральных органов исполнительной власти, организации, составляющие инфраструктуру поддержки малого и среднего предпринимательства области, и другие участники Программы могут принимать участие в реализации целевых мероприятий Программы за счет собственных средств.
Общее руководство и контроль за ходом реализации Программы осуществляет заказчик Программы - правительство Белгородской области. От имени заказчика Программы оперативную работу по организации управления Программой и контролю за ходом ее реализации осуществляет департамент экономического развития Белгородской области.
Оперативное управление обеспечивается в соответствии с мероприятиями Программы, определяющими сроки и конкретных исполнителей мероприятий. Исполнители Программы представляют информацию о реализации мероприятий Программы в департамент экономического развития области в согласованные с департаментом сроки.
Общественный контроль за реализацией Программы осуществляет областной совет по поддержке и развитию малого и среднего предпринимательства при Губернаторе области.
Контроль за целевым использованием средств областного и федерального бюджетов на реализацию мероприятий Программы осуществляют департаменты экономического развития и финансов и бюджетной политики Белгородской области согласно бюджетному законодательству Российской Федерации.