Деятельность Комиссии основывается на принципах:
законности;
конфиденциальности рассматриваемой информации;
поддержки и взаимодействия всех заинтересованных территориальных федеральных органов государственной власти, государственных исполнительных органов области, органов местного самоуправления, учреждений и общественных, религиозных объединений;
гласности своей деятельности.