Министерство возглавляет министр, назначаемый и освобождаемый от должности Президентом Республики Марий Эл по согласованию с Государственным Собранием Республики Марий Эл. Министр имеет заместителей, назначаемых и освобождаемых от должности Правительством Республики Марий Эл.
Министр:
осуществляет руководство деятельностью Министерства, несет персональную ответственность за выполнение возложенных на него задач, распределяет обязанности между заместителями министра;
утверждает в пределах установленной численности и фонда оплаты труда штатное расписание аппарата Министерства;
утверждает положения о структурных подразделениях Министерства;
назначает и освобождает от должности работников аппарата Министерства;
издает в пределах компетенции приказы инструкции и методические рекомендации;
устанавливает надбавки к должностным окладам;
распоряжается в установленном порядке финансовыми средствами и имуществом Министерства.
В Министерстве образуется коллегия в составе министра, заместителей министра (входят по должности), руководящих работников других министерств, госкомитетов, ведомств и организаций, а также предприятий отраслей.
Состав коллегии утверждается Правительством республики Марий Эл по представлению министра.
Министр возглавляет Совет по координации контроля качества товаров и услуг на потребительском рынке и защите прав потребителей при Правительстве Республики Марий Эл и Совет по бытовому обслуживанию населения. Положения о советах и их составе утверждаются в установленном порядке Президентом или Правительством республики.
Министерство торговли и потребительских услуг взаимодействует с Управлением государственной инспекции по торговле, качеству товаров и защите прав потребителей по Республике Марий Эл и союзом потребительских обществ и предпринимателей Республики Марий Эл.
Министерство координирует работу Бюро товарных экспертиз.
Ответственность за их работу несут руководители этих организаций.
Деятельность Министерства финансируется за счет средств республиканского бюджета Республики Марий Эл и за счет иных источников, не запрещенных законодательством.