1. Организационное управление ЕРСЭМ осуществляется на принципах:
безусловного выполнения программ наблюдения ведомственными системами и привлеченными средствами в рамках Единой республиканской системы экологического мониторинга;
обязательного выполнения требований информационного взаимодействия и обмена информации между всеми предприятиями и организациями независимо от их ведомственной принадлежности и форм собственности.
2. Органом управления, ответственным за функционирование ЕРСЭМ, является Минэкологии Республики Марий Эл в лице специально уполномоченного подразделения по организации и ведению экологического мониторинга.
3. Органами управления ведомственных систем в составе ЕРСЭМ Республики Марий Эл являются соответствующие структурные подразделения аппаратов министерств и ведомств.
4. Органами управления систем мониторинга источников воздействия являются администрации соответствующих промышленных и других объектов.