Система управления Программой включает органы исполнительной власти Республики Марий Эл и органы местного самоуправления,
Органы исполнительной власти Республики Марий Эл:
организуют работу по реализации Программы в рамках своих властных полномочий;
решают вопросы бюджетного финансирования Программы на республиканском уровне, включая вопросы межбюджетных отношений с муниципальными образованиями;
принимают участие в решении вопросов по организации различных форм внебюджетного финансирования работ по переселению граждан из аварийного жилищного фонда;
рассматривают, утверждают и контролируют порядок переселения граждан из находящихся в аварийном состоянии домов;
управляют предоставлением муниципальным образованиям государственной помощи в пределах имеющихся ресурсов, включая средства федерального и республиканского бюджетов на конкурсной основе.
Органы местного самоуправления:
осуществляют контроль за выполнением Программы на местном уровне;
организуют работу межведомственных комиссий по установлению непригодных для проживания жилищ;
участвуют в подготовке предложений по порядку переселения граждан;
контролируют соблюдение сроков и очередности в соответствии с принятым порядком переселения;
организуют работу с переселяемыми гражданами;
разрабатывают предложения по более эффективным методам решения поставленных задач.
Функции по непосредственному управлению Программой в республике осуществляет Республиканский фонд жилья и ипотеки Республики Марий Эл.
Республиканский фонд жилья и ипотеки Республики Марий Эл проводит отбор муниципальных проектов на конкурсной основе исходя из объемов требуемых финансовых ресурсов, сроков окупаемости, ожидаемой прибыли, объемов привлекаемых внебюджетных средств, в том числе средств граждан как обязательное условие приоритетности муниципального проекта, а также осуществляет их финансово-экономическую экспертизу. Для успешной реализации этих задач необходимо разработать процедуры, которые позволяли бы обеспечивать конкурентоспособность муниципальных проектов за финансовые ресурсы республиканского уровня и прозрачную процедуру принятия решений по распределению субвенций на их реализацию.