На территории автономного округа функционируют 10 аэропортов и 115 вертолетных площадок, осуществляющих прием и отправку пассажиров и грузов как по внутриокружным, так и по магистральным маршрутам. Три аэропорта в городах Сургут, Нижневартовск и Ханты-Мансийск имеют статус международных и обеспечивают более 80% всех пассажирских и грузовых авиаперевозок в автономном округе.
Авиакомпании, осуществляющие свою деятельность в автономном округе, эксплуатируют воздушные суда типа: "АН-24", "АН-26", "ТУ-134", "ТУ-154", "ATR-42", "ATR-72", "Боинг-737", вертолеты всех типов. Воздушные суда авиакомпаний совершают регулярные полеты более чем по 30 межрегиональным и 10 зарубежным направлениям. Ежегодный объем обслуживаемых пассажиров в аэропортах автономного округа составляет более 2,5 млн. человек, а грузовых перевозок - более 14 тыс. тонн.
Общие проблемы аэропортов автономного округа: высокая себестоимость аэропортовых услуг, низкая интенсивность полетов и, как правило, убыточная деятельность, высокий износ основных фондов аэропортов, старение парка региональных самолетов, выполняющих перевозки на внутриокружных маршрутах.