В 2013 году на водных путях автономного округа функционирует 28 регулярных линий. Протяженность межмуниципальных и внутрирайонных маршрутов составляет от 50 до 600 км.
По внутренним водным путям, протяженность которых составляет 5608 км, ежегодно перевозится более 300 тыс. пассажиров. Помимо промышленных, обеспечивается доставка народно-хозяйственных грузов в отдаленные населенные пункты автономного округа по Программе северного завоза, объемы которого ежегодно составляют более 80 тысяч тонн. Перевозка пассажиров осуществляется 32 скоростными и водоизмещающими пассажирскими судами.
Основные проблемы развития пассажирских перевозок водным транспортом:
1). Значительный износ пассажирских судов.
По состоянию на 1 июля 2013 года средний износ водного транспорта, находящегося в эксплуатации, составляет 70%. Дальнейшее отставание темпов обновления водного транспорта от темпов их старения приведет к снижению качества и уровня безопасности перевозки пассажиров, массовому выходу транспорта из эксплуатации, что приведет к снижению объемов пассажирских перевозок. Для обеспечения безопасности перевозок пассажиров и багажа внутренним водным транспортом необходимо поддержание технической готовности пассажирских судов.
2). Недостаточный контроль за организацией пассажирских перевозок.
Низкий уровень контроля за работой пассажирских судов на маршрутах не позволяет обеспечить качественный мониторинг выполнения транспортными организациями условий государственных и муниципальных контрактов в части безопасности перевозок, исполнением графиков движения судов, загрузки судов, расхода топлива и сбора выручки.
3). Убыточность пассажирских перевозок.
Деятельность предприятий, осуществляющих пассажирские перевозки по социальным маршрутам, является планово убыточной. Субсидирование пассажирских перевозок водным транспортом позволяет сохранить стабильность выполнения социально значимых маршрутов. Однако прибыль от прочих видов деятельности таких предприятий не обеспечивает развития материальной базы и обновления основных фондов.