Управление возглавляет начальник, который назначается на должность и освобождается от должности Губернатором автономного округа по согласованию с первым заместителем Председателя Правительства автономного округа, курирующим Управление.
Начальник Управления осуществляет свое руководство на основе единоначалия и несёт персональную ответственность за выполнение возложенных на Управление обязанностей.
Начальник Управления:
-производит приём и увольнение, перевод, перемещение работников, применяет меры взыскания и поощрения;
-производит разграничение функций и распределение работы между подчиненными ему работниками Управления, утверждает должностные инструкции работников Управления, а также положения о структурных подразделениях Управления;
-даёт указания, обязательные для работников Управления;
-действует без доверенности от имени Управления в пределах компетенции, установленной настоящим Положением и иными нормативными правовыми актами;
-издаёт приказы по Управлению;
-заключает договоры, соглашения, выдаёт доверенности, открывает расчётные и другие счета, осуществляет иные права в пределах компетенции Управления;
-разрабатывает структуру и штатное расписание, а также смету расходов на содержание аппарата Управления, представляет на утверждение Правительству автономного округа, в таком же порядке вносит изменения;
-обеспечивает соблюдение финансовой дисциплины, сохранность материальных ценностей;
-осуществляет другие права в соответствии с законодательством Ханты-Мансийского автономного округа - Югры и Российской Федерации.