Развитие нефтедобывающей, лесоперерабатывающей и других отраслей промышленности на территории автономного округа, увеличение воздействия человеческого фактора на окружающую среду непосредственно связаны с увеличением негативного воздействия на типичные и уникальные природные комплексы и экосистемы. Это приводит к уменьшению видового разнообразия аборигенных (местных) видов животных и растений (в Красную книгу Ханты-Мансийского автономного округа - Югры в 2003 году внесено 71 вид редких животных и птиц и 156 видов растений и грибов), сокращению численности ценных промысловых животных (численность отдельных видов промысловых животных за последние годы снизилась более чем в 3 раза), уменьшению продуктивности дикоросов, сокращению площади девственных лесов (объемы изъятия земель лесного фонда с 2000 года, в том числе в лесах 1 группы (защитных лесах) возросли в 3-4 раза) и другим негативным факторам.
Для сохраненияи восстановления уникальных, эталонных, типичных природных комплексов, обеспечения их целостности и способности к саморегуляции и сохранения биологического разнообразия в автономном округе действует 29 особо охраняемых природных территорий международного, федерального, окружного и местного значения, которые занимают общую площадь 3700 тыс. га (6,9 % от площади автономного округа).
По целевой программе, в соответствии с полномочиями автономного округа, для решения проблем по обеспечению сохранности типичных и уникальных экосистем и биологического разнообразия предусмотрен комплекс необходимых мероприятий, а именно:
развитие заказников, природных парков и памятников природы окружного значения, в том числе обустройство и укрепление материально-технической базы и проведение научно-исследовательских и мониторинговых работ;
ведение Красной книги Ханты-Мансийского автономного округа - Югры.