В структуру Думы входят:
1) председатель Думы;
2) заместители председателя Думы;
(пункт в редакции решения Думы Города Томска от 22 декабря 2023 года № 799, - см. предыдущую редакцию)
3) совет Думы;
4) комитет по бюджету, экономике и собственности;
5) комитет городского хозяйства;
6) комитет по градостроительству, землепользованию и архитектуре;
7) комитет по социальным вопросам;
8) комитет по спорту и молодежной политике;
9) постоянная комиссия по Регламенту и правовым вопросам;
10) аппарат Думы.