Основными целями контрольной деятельности Думы являются:
1) обеспечение исполнения законов Томской области;
2) выявление ключевых проблем в деятельности государственных органов Томской области и привлечение внимания соответствующих государственных органов и должностных лиц к выявленным в ходе осуществления контрольной деятельности недостаткам в целях их устранения;
3) противодействие коррупции;
4) изучение практики применения законодательства Томской области, выработка рекомендаций, направленных на совершенствование законодательства Томской области и повышение эффективности его применения.