Региональная инновационная политика осуществляется на основе следующих принципов:
1) комплексности учета факторов социально-экономического развития Томской области, этапов жизненного цикла инноваций и функций управления инновационным процессом;
2) открытости и публичности выбора приоритетов инновационной политики, механизмов формирования и реализации инновационных программ и проектов;
3) равенства прав субъектов инновационной деятельности при предоставлении мер государственной поддержки;
4) баланса интересов всех субъектов инновационной деятельности;
5) интеграции инновационной, инвестиционной, научной и образовательной деятельности для обеспечения эффективного взаимодействия науки, образования и производства.