Контроль за реализацией государственной программы осуществляет заместитель Губернатора Томской области по социальной политике.
Текущий контроль и управление государственной программой осуществляет Департамент здравоохранения Томской области в части своих полномочий. Текущий контроль осуществляется постоянно в течение всего периода реализации государственной программы путем мониторинга государственной программы и анализа промежуточных результатов.
Оценка социально-экономической эффективности реализации государственной программы проводится ежегодно путем сравнения текущих значений основных целевых показателей с установленными государственной программой значениями.
Департамент здравоохранения Томской области с учетом объема финансовых средств, ежегодно выделяемых на реализацию государственной программы, уточняет целевые показатели, перечень мероприятий и затраты на них, состав исполнителей мероприятий государственной программы.
В необходимых случаях Департамент здравоохранения Томской области готовит предложения о корректировке перечня мероприятий и средств на их реализацию для утверждения в установленном порядке.
Заказчик государственной программы ежеквартально, в срок до 15-го числа месяца, следующего за отчетным кварталом, направляет отчет о ходе выполнения мероприятий государственной программы (годовой отчет - в срок до 25 января года, следующего за отчетным годом) в Департамент экономики Администрации Томской области по установленной форме.