Структурно актуализированная Стратегия состоит из восьми частей:
I. Вводная часть. В первой части содержатся обоснование, подходы и задачи актуализации Стратегии.
II. Стратегические ресурсы и проблемы развития Города Томска. Вторая часть представляет собой оценку состояния ключевых показателей социально-экономического развития Города Томска и их сравнительную динамику за истекший период реализации Стратегии. В ней описаны изменения в трендах развития городов, обусловленные влиянием глобализации. На основе интегральной оценки социально-экономической ситуации в муниципальном образовании «Город Томск», складывающейся под влиянием внутренних и внешних факторов, а также с учетом ключевых вызовов современности, сформирована матрица сильных и слабых сторон Города Томска, предоставляющих новые возможности и указывающих на угрозы его развитию.
III. Стратегическая цель развития Города Томска. В третьей части сформулированы перспективное видение, стратегическая цель и приоритетные направления развития Города Томска.
IV. Стратегические направления развития Города Томска. В четвертой части представлено описание стратегических направлений развития Города Томска. Каждое направление имеет целевые векторы реализации, по которым сформированы комплексы задач и ожидаемые результаты, на достижение которых направлена Стратегия.
V. Механизм реализации Стратегии. В пятой части указан комплекс механизмов, обеспечивающих выполнение Стратегии.
VI. Мониторинг и оценка реализации Стратегии. В шестой части описано содержание мониторинга Стратегии и перечислены ключевые индикаторы реализации Стратегии
VII. Сценарные варианты Стратегии. В седьмой части приведены варианты долгосрочного социально-экономического развития Города Томска, определенные в зависимости от результатов эффективности управления изменениями и комплексного воздействия внешних и внутренних ключевых факторов на ход реализации Стратегии.
VIII. Система сбалансированных показателей Стратегии развития Города Томска до 2020 года (с прогнозом до 2030 года). В заключительной части содержится перечень индикаторов целей и задач Стратегии, представляющий основу для ежегодного мониторинга Стратегии. Указанный перечень является также ориентиром при разработке иных документов стратегического и программно-целевого планирования.