Ответственным за реализацию Программы является Комитет рыбного хозяйства Томской области.
Комитет рыбного хозяйства Томской области ведет отчетность и подготавливает доклад о ходе выполнения мероприятий Программы и эффективности использования финансовых средств, который представляет в установленном порядке в Департамент экономики Администрации Томской области.
Соисполнители Программы ежеквартально, до 5-го числа месяца, следующего за отчетным периодом, представляют в Комитет рыбного хозяйства Томской области отчетность о реализации Программы и целевом использовании бюджетных средств в электронном виде и на бумажных носителях в соответствии с государственным заказом или контрактом по форме, установленной Комитетом рыбного хозяйства Томской области. Комитет рыбного хозяйства Томской области ежеквартально представляет отчет о реализации Программы в Департамент экономики Администрации Томской области по установленной форме.
Текущий контроль за реализацией мероприятий Программы осуществляет Комитет рыбного хозяйства Томской области. Оценку эффективности реализации Программы осуществляет Департамент экономики Администрации Томской области.