1. Дефицит финансовых ресурсов и, как следствие, увеличение продолжительности реализации Стратегии. Ограниченность финансовых ресурсов может также повлечь за собой сохранение низкого уровня заработной платы специалистов, что приведёт к утечке кадров и снижению их квалификации.
2. Ухудшение социально-экономической ситуации в регионе, в стране. Это может привести к ухудшению финансового положения значительного количества организаций, условий труда на них, сокращению числа рабочих мест, массовому высвобождению работников. В результате повысится уровень безработицы, снизятся доходы населения, увеличится число семей, ведущих асоциальный образ жизни, что приведёт к росту социального сиротства, увеличению числа правонарушений среди несовершеннолетних, росту численности безнадзорных и беспризорных детей.
3. Ухудшение экологической обстановки, в результате которого может увеличиться заболеваемость населения, инвалидизация детей.
4. Изменение демографической ситуации в Томской области: снижение количества иногородних абитуриентов в Томских вузах, миграционный отток молодёжи с территории Томской области, рост/снижение числа потребителей услуг различных отраслей социальной сферы.
5. Изменение федеральных приоритетов, которые могут повлечь за собой изменение финансовых потоков, юридические (законодательные) риски.
6. Технологические риски, вызванные появлением новых технологий, которые могут повлиять на изменение приоритетов в отраслях.
Основным механизмом минимизации рисков является корректировка Стратегии, в том числе в части увеличения срока её реализации.