Управление реализацией Программы осуществляет Министерство, как субъект бюджетного планирования.
Ответственным исполнителем за реализацию Программы в целом, достижение цели и задач, утвержденных значений целевых индикаторов мероприятий Программы, проведение оценки эффективности реализации Программы и формирование отчетности о ходе ее реализации является управление производственной деятельности Министерства.
Ответственным за финансирование программных мероприятий является управление экономики, финансирования, бухгалтерского учёта и налогообложения Министерства.
Оперативное управление и контроль за реализацией Программы в целом возлагается на заместителя Министра сельского хозяйства и продовольствия Омской области Н.П. Дранковича.