Текущее управление реализацией программы осуществляется Министерством сельского хозяйства.
Министерство сельского хозяйства ежемесячно до 15-го числа месяца, следующего за отчетным, и по итогам года до 25 января очередного финансового года направляет в министерство экономики и регионального развития края и в министерство финансов края информацию и отчет об исполнении программы.
Министерство сельского хозяйства до 1 февраля года, следующего за отчетным, направляет в министерство экономики и регионального развития Красноярского края ежегодный доклад об исполнении программы с оценкой достижения плановых показателей, динамики финансирования и выполнения за весь период реализации программы и по планируемым мероприятиям на очередной финансовый год.
Министерство экономики и регионального развития края ежегодно до 1 марта текущего года представляет в Правительство края сводную информацию о ходе реализации программы за отчетный год.
Министерство сельского хозяйства ежегодно уточняет целевые показатели и затраты по программным мероприятиям, механизм реализации программы, состав исполнителей с учетом выделяемых на ее реализацию финансовых средств.
Контроль за целевым использованием бюджетных средств осуществляет служба финансово-экономического контроля Красноярского края.