В городе Енисейске с 1992 года эксплуатируются биологические очистные сооружения канализации со сбросом сточных вод в реку Енисей. На сегодняшний день средний процент физического износа сетей водоотведения составляет 65%, что не может обеспечить устойчивую работу инженерной инфраструктуры города.
В настоящее время город Енисейск застроен большей частью малоэтажной застройкой. Существующие трех-, пятиэтажные жилые дома не имеют централизованной канализации.
В городе работают четыре насосных станции (на территории военного городка, головная насосная станция на очистных сооружениях, насосная станция у больничного комплекса с глубиной подводящего коллектора 4,0 м и насосная станция около мужского монастыря с глубиной подводящего коллектора 5,50 м).
В связи с участившимися авариями на очистных сооружениях было проведено обследование технического состояния строительных конструкций, в результате которого были обнаружены отступления от проекта при строительстве, низкое качество строительно-монтажных работ при строительстве, а также физический износ строительных конструкций. За время эксплуатации очистные сооружения, построенные в 1992 году, обследовались впервые. Эксперты пришли к выводу, что состояние сооружения оценивается как недопустимое, т.е. существующие повреждения свидетельствуют о непригодности к эксплуатации конструкций.
Город Енисейск расположен на низком заболоченном берегу реки Енисей, в связи с чем ежегодно происходит подтопление грунтовыми и паводковыми водами.
По территории города протекает ряд мелких рек и ручьёв: реки Пестеровка, Мельничная, ручьи Зырянов, Лазаревский, Ерзовка. Разветвленность мелких рек и ручьёв затрудняет сведение сточных вод в единую сеть ливневой канализации.
Также в черте городской территории распространены болота и тальники, которые требуют засыпки и осушения.
Данная ситуация осложняется также неработающей дренажной системой (засыпаны кюветы), отсутствием водопропускных труб через дорожное полотно.
В настоящее время на территории города отсутствует организованная система сети ливневой канализации.
Предлагается организация поверхностного водоотвода в комплексе с локальными сетями ливневой канализации на отдельных участках территории города, разделённых на 16 водосборных бассейнов, с последующей очисткой на локальных очистных сооружениях и выпуском в проточные ручьи и реки.
Локальные сети ливневых вод объединяются в единую общегородскую систему ливневой канализации посредством соединения всех выпусков с водосборных бассейнов единым магистральным коллектором. Для обеспечения стока в этом коллекторе по его трассе предусматривается строительство станций перекачки ливневых вод.
Выпуск ливневых вод с территории без предварительной очистки категорически запрещён, поэтому на выпусках предусматривается устройство очистных сооружений.
Учитывая эпизодичность и резкую неравномерность поступления дождевых вод, наиболее простым и достаточно эффективным сооружением для очистки поверхностного стока городской территории являются локальные очистные сооружения, оборудованные устройствами для удаления осадков и нефтепродуктов. Необходимости очистки всего стока нет. Очистки требует лишь наиболее загрязнённая часть стока. Сюда относятся талые воды, поливомоечные воды, которые характеризуются малыми расходами и высокой концентрацией загрязнения, а также сток от дождей малой интенсивности.
Таким образом, основным сдерживающим фактором развития туризма и города в целом является неудовлетворительное состояние большинства памятников истории и культуры, негативное воздействие большегрузных транспортных средств на сохранность памятников культурного наследия и высокий уровень износа объектов коммунальной инфраструктуры и их технологическая отсталость.