Министерство осуществляет управление и текущий контроль за ходом выполнения программы, определяет промежуточные результаты и производит оценку реализации программы.
Контроль за целевым и эффективным расходованием средств краевого бюджета, предусмотренных на реализацию программы, осуществляет служба финансово-экономического контроля Красноярского края.
Муниципальные образования представляют в министерство отчет об исполнении программы ежемесячно не позднее 7-го числа месяца, следующего за отчетным, по форме согласно приложению № 3 к программе.
Министерство ежемесячно до 15-го числа месяца, следующего за отчетным, и по итогам года до 25 января очередного финансового года направляет в министерство экономики и регионального развития Красноярского края информацию и отчет об исполнении мероприятий программы.