Механизм реализации Программы основывается на принципах разграничения полномочий и ответственности участников Программы. Координация деятельности исполнителей мероприятий Программы осуществляется министерством здравоохранения Нижегородской области.
Финансирование работ по мероприятиям Программы, направленным на совершенствование медико-профилактической помощи населению Нижегородской области, осуществляется министерством финансов Нижегородской области на основе государственных контрактов, заключенных в установленном порядке.