В состав территории Сегежского муниципального округа входят следующие населенные пункты: город Сегежа, поселок городского типа Надвоицы, входящие в состав поселка городского типа Надвоицы поселки Верхний, при 10 шлюзе ББК, Пристань Надвоицы и деревня Каменный Бор, поселки Валдай, Вача, Вожмогора, Вожмозеро, Волдозеро, Идель, Кочкома, Кяргозеро, Лососий, Майгуба, Пертозеро, Попов Порог, при 11 шлюзе ББК, Сумский, Табойпорог, Чёрный Порог, входящий в состав поселка Чёрный Порог поселок Олений, деревни Дуброво, Майгуба, Надвоицы, Полга, Юркиннаволок, станции Быстряги, Раменцы, Ригозеро, Суглица, Сумеричи, Уросозеро, Шавань, Шпаловая.