Механизм реализации Программы определяется министерством экономического развития Калужской области и предусматривает проведение организационных мероприятий, включая подготовку и (или) внесение изменений в нормативные правовые акты Калужской области, обеспечивающие выполнение Программы в соответствии с действующим законодательством.
Получение средств федерального бюджета, предусмотренных на реализацию мероприятий в рамках программ развития пилотных инновационных территориальных кластеров, осуществляется в соответствии с постановлением Правительства Российской Федерации от 06.03.2013 № 188 «Об утверждении Правил распределения и предоставления субсидий из федерального бюджета бюджетам субъектов Российской Федерации на реализацию мероприятий, предусмотренных программами развития пилотных инновационных территориальных кластеров» (в ред. постановлений Правительства Российской Федерации от 15.07.2013 № 596, от 15.09.2014 № 941).
Министерство экономического развития Калужской области, взаимодействуя с Министерством экономического развития Российской Федерации, участвует в подготовке материалов для конкурсного отбора субъектов Российской Федерации в рамках государственных программ Российской Федерации.
Финансирование мероприятий Программы с 2014 года осуществляется в рамках государственной программы Калужской области «Развитие предпринимательства и инноваций в Калужской области», а также подпрограммы «Формирование благоприятной инвестиционной среды в Калужской области» государственной программы Калужской области «Экономическое развитие в Калужской области».