Контроль за целевым и эффективным использованием средств областного бюджета, предоставляемых на реализацию Программы, осуществляет министерство сельского хозяйства и продовольствия Самарской области.
Контроль за ходом реализации программных мероприятий осуществляет министерство сельского хозяйства и продовольствия Самарской области в соответствии с Порядком принятия решений о разработке, формирования и реализации областных целевых программ в Самарской области, утвержденным постановлением Правительства Самарской области от 12.12.2007 № 253.