Существует риск сокращения объёма финансирования мероприятий, реализуемых в рамках подпрограммы. Для минимизации риска в случае сокращения объемов финансирования подпрограммы будет уточнена система мероприятий и целевых показателей (индикаторов) подпрограммы, а также будут реализовываться меры по привлечению средств из федерального бюджета.
Существует риск нецелевого и неэффективного использования бюджетных средств. В качестве мер для управления риском будут применяться меры финансового контроля, мониторинг реализации мероприятий подпрограммы.