Существует риск неэффективного и нецелевого использования бюджетных средств. Мерами по управлению данной группой рисков являются: осуществление внутреннего финансового контроля, мониторинг реализации мероприятий подпрограммы, закрепление персональной ответственности руководителей за достижение непосредственных и конечных результатов.
Существует риск сокращения Министерством экономического развития Российской Федерации средств на реализацию мероприятий региональных программ поддержки малого и среднего предпринимательства, в результате чего, финансирование ряда мероприятий будет существенно сокращено (поддержка малых инновационных компаний, поддержка молодежного предпринимательства, создание инфраструктуры поддержки малого и среднего предпринимательства, предоставление субсидий муниципальным образованиям).