Министерство является исполнительным органом государственной власти Ульяновской области, осуществляющим функции по формированию и реализации государственной политики в сфере здравоохранения Ульяновской области, по нормативному правовому регулированию в сфере охраны здоровья граждан, по контролю в этой сфере, а также по оказанию государственных услуг; осуществляет функции и полномочия учредителя в отношении государственных медицинских организаций, организует работу и координирует их деятельность в пределах своих полномочий; осуществляет функции государственного заказчика, главного распорядителя и получателя средств бюджета, главного администратора доходов.
Деятельность государственных медицинских организаций направлена на проведение мероприятий по обеспечению доступности медицинской помощи и повышению эффективности медицинских услуг, объемы, виды и качество которых должны соответствовать уровню заболеваемости и потребностям населения, передовым достижениям медицинской науки. Для укрепления кадрового потенциала государственных медицинских организаций применяются меры социальной поддержки молодых специалистов, позволяющие повысить привлекательность профессии врача.
Применение программных методов позволит установить тесное взаимодействие между всеми структурными подразделениями Министерства, а также повысить эффективность бюджетных ассигнований областного бюджета Ульяновской области в рамках выделенных средств на финансирование подпрограммы.