В 2013 году отмечался рост инфекционной заболеваемости на 7,6% по сравнению с 2008 годом: зарегистрировано 824930 случаев инфекционных и паразитарных заболеваний, или 20313,7 случая на 100 тыс. населения (в 2008 году - 765242 случая, или 18882,1 случая на 100 тыс. населения).
Не зарегистрированы случаи заболеваний дифтерией, врожденной краснухой, эпидемическим паротитом и полиомиелитом, вызванным "диким" и вакцинным штаммами полиовируса.
По сравнению с 2008 годом снижена заболеваемость по следующим нозологическим формам: острый вирусный гепатит C - на 20,7% (в 2008 году - 2,17 случая на 100 тыс. населения, в 2013 году - 1,72 случая на 100 тыс. населения); геморрагическая лихорадка с почечным синдромом - в 4,1 раза (в 2008 году - 60,9 случая на 100 тыс. населения, в 2013 году - 14,92 случая на 100 тыс. населения); дизентерия - в 4,1 раза (в 2008 году - 31,16 случая на 100 тыс. населения, в 2013 году - 7,54 случая на 100 тыс. населения); ветряная оспа - на 15,1% (в 2008 году - 383,1 случая на 100 тыс. населения, в 2013 году - 325,8 случая на 100 тыс. населения); менингококковая инфекция - на 8% (в 2008 году - 0,37 случая на 100 тыс. населения, в 2013 году - 0,34 случая на 100 тыс. населения). В то же время по сравнению с 2008 годом отмечается рост заболеваемости клещевым вирусным энцефалитом в 2,9 раза (в 2008 году - 0,35 случая на 100 тыс. населения, в 2013 году - 1,01 случая на 100 тыс. населения), острыми кишечными инфекциями - на 38,5% (в 2008 году - 257,5 случая на 100 тыс. населения, в 2013 году - 356,7 случая на 100 тыс. населения).
Территориальная заболеваемость туберкулезом в 2013 году снизилась по сравнению с 2008 годом на 8,0% и составила 44,8 случая на 100 тыс. населения (1819 случаев), в 2008 году - 1972 случая, или 48,7 случая на 100 тыс. населения. Заболеваемость туберкулезом по республике на 28,9% ниже, чем в Российской Федерации, и на 26,9% ниже, чем по Приволжскому федеральному округу. В 2013 году туберкулезом заболело 50 детей до 18 лет, показатель составил 5,8 случая на 100 тыс. детского населения, сократившись по сравнению с 2008 годом на 32,6%. Не зарегистрирована заболеваемость туберкулезом детей до 1 года, за последние 3 года не было случаев детской смертности от туберкулеза.
В Республике Башкортостан на конец 2013 года из числа состоящих на диспансерном учете 11405 ВИЧ-позитивных лиц диспансерное обследование в текущем году прошли 10275 человек (90,0%), что выше уровня 2008 года на 3,45% (в 2008 году из 6693 человек прошли диспансерное обследование 5808 человек). Показатель пораженности ВИЧ-инфекцией в Республике Башкортостан на конец 2013 года составлял 331,2 случая на 100 тыс. населения (по Российской Федерации - 479,0 случая на 100 тыс. населения, по Приволжскому федеральному округу - 468,6 случая на 100 тыс. населения). Показатель заболеваемости ВИЧ-инфекцией в республике с 2004 года ежегодно возрастал, в 2013 году отмечается незначительная тенденция к стабилизации уровня заболеваемости - 59,2 случая на 100 тыс. населения.
За период с 2008 по 2013 год в Республике Башкортостан наблюдается снижение заболеваемости инфекциями, передающимися половым путем (далее - ИППП), в 1,5 раза: показатель составил 280,2 случая на 100 тыс. населения (в 2008 году - 418,9 случая на 100 тыс. населения). Среди нозологических форм ИППП отмечалось снижение заболеваемости сифилисом в 2,3 раза (951 вновь выявленный случай, или 23,4 случая на 100 тыс. населения), гонореей - в 1,36 раза (855 вновь выявленных случаев, или 21,05 случая на 100 тыс. населения), трихомонозом - в 1,8 раза (3217 вновь выявленных случаев, или 79,2 случая на 100 тыс. населения), хламидиозом - в 1,4 раза (3715 случаев, или 91,5 случая на 100 тыс. населения), аногенитальными (венерическими) бородавками - в 1,6 раза (694 случая, или 17,1 случая на 100 тыс. населения) и увеличение заболеваемости урогенитальным герпесом - на 46,5% (1947 случаев, или 47,9 случая на 100 тыс. населения).
В структуре заболеваемости населения ИППП наибольший удельный вес составлял хламидиоз (38,8%) и трихомоноз (33,6%).
В 2008-2013 годах в Республике Башкортостан среди заразных кожных заболеваний отмечается снижение заболеваемости чесоткой в 3,4 раза - с 47,3 до 14,1 случая на 100 тыс. населения, трихофитией - в 1,6 раза - с 4,5 до 2,81 случая на 100 тыс. населения.