Уфимская агломерация - одна из значительных агломераций с высоким уровнем автомобилизации - является крупнейшим транспортным узлом не только в пределах Республики Башкортостан, но и во всем Уральском регионе. В этом транспортном узле сосредоточены все виды транспорта: железнодорожный, автомобильный, воздушный, речной и трубопроводный, обеспечивающие транспортные связи столицы Республики Башкортостан как внутри региона, так и с другими регионами Российской Федерации и Содружества Независимых Государств.
В границах агломерации сходятся железнодорожные магистрали пяти направлений: на центральную и южную части России, в Сибирь, Северный Казахстан и Среднюю Азию; проходят три федеральные автомобильные дороги: М-5 "Урал" (Москва - Самара - Уфа - Челябинск), М-7 "Волга" (Москва - Казань - Уфа) и Р-240 (Уфа - Оренбург); также имеется развитая сеть территориальных дорог межрайонного и районного значений.
Основные транспортные направления, проходящие по территории, прилегающей к Уфимской агломерации, и через территорию городского округа город Уфа Республики Башкортостан, - это широтный транспортно-коммуникационный коридор, обеспечивающий железнодорожные и автомобильные транспортные связи Запад - Восток, и меридиональный транспортно-коммуникационный коридор, связывающий Республику Башкортостан через Оренбургскую область с южными районами России.
Основу улично-дорожной сети городской агломерации Уфимская агломерация составляют магистрали, соединяющие крупнейшие районы города с выходами на внешние направления. Плотность магистральной сети - около 1,6 км/кв. км. Преобладают меридиональные связи. Скорость движения соответствует нормативным показателям в зависимости от категорий улиц и дорог. Движение по основным магистральным улицам общегородского и районного значений ограничено в пределах 40 - 60 км/ч, на магистральных улицах общегородского значения непрерывного движения - 80 км/ч, вне границ муниципальных образований - 90 км/ч. Состав транспортных потоков смешанный, преимущественное положение занимают легковые автомобили. Грузовые потоки составляют в среднем 5 - 10% от общего количества транспортных средств. Наибольшие значения интенсивности движения транспортных потоков наблюдаются в пиковые часы на основных магистральных улицах и дорогах. Наибольшая интенсивность отмечается на выездах из города и местами составляет 9000 - 11000 авт./час, на магистралях общегородского значения регулируемого движения - 5000 - 9000 авт./час, на основных магистралях районного значения - 2000 - 5000 авт./час, на прочих улицах и дорогах - 200 - 2000 авт./час. Коэффициент загрузки в целом по городу изменяется от 0,27 до 1,1. На наиболее загруженных направлениях, таких, как мост через р. Белую в створе пр. С.Юлаева и пр. Октября, коэффициент загрузки превышает допустимые значения и составляет 0,75 - 1,1. На магистралях общегородского значения - 0,45 - 0,6, на остальных улицах - 0,27 - 0,4.
По данным ГИБДД МВД по РБ, на 1 января 2016 года на территории городского округа город Уфа Республики Башкортостан было зарегистрировано 478000 транспортных средств, из которых 86% - легковые автомобили, 12% - грузовые автомобили, 2% - автобусы. Уровень автомобилизации стремительно увеличивается (в 2006 году - 251000 автотранспортных средств, в 2012 году - 330000 автотранспортных средств) и в настоящее время составляет 430 автотранспортных средств на 1000 жителей.
На территории городского округа город Уфа Республики Башкортостан располагаются гаражные комплексы и паркинги на 86461 машино-место, в том числе металлических гаражей - на 44225 машино-мест, капитальных гаражей боксового типа - на 28542 машино-места. Большая часть таких гаражных кооперативов размещена на территориях, в соответствии с градостроительным регламентом отнесенных к территориям особого контроля градостроительной деятельности, и на придомовых земельных участках многоквартирных жилых домов (332 гаражных комплекса и паркинга на 32613 машино-мест).
Система общественного пассажирского транспорта представлена следующими видами: трамвай, троллейбус, автобус, маршрутное такси, железная дорога. Парк общественного транспорта по своему качественному состоянию и количественному составу не обеспечивает возрастающие потребности в пассажирских перевозках, что приводит к широкому использованию частного легкового и ведомственного транспорта. Доля населения, перемещающегося на общественном транспорте, составляет около 43% от общей численности населения Республики Башкортостан. На долю городских перевозок приходится около 80% перевезенных пассажиров, пригородных - 17%, междугородних, межобластных и международных - 3%. Анализ структуры пригородных и междугородних пассажирских перевозок показывает, что преимущественный пассажиропоток (62% автобусных перевозок еженедельно) движется в направлении Самары, Оренбурга и Белорецка; по Казанскому направлению - 19%; в направлении Перми и Янаула - 16%; в сторону Малояза - 3%. По пригородным направлениям основные перемещения осуществляются в Уфимском, Кушнаренковском, Чишминском, Благовещенском и Иглинском районах.
Логистика грузовых перевозок на 64% основана на трубопроводном транспорте, на 25% - на железнодорожном транспорте, и лишь 11% занимает автомобильный транспорт. Наибольший транспортный поток движется со стороны Оренбурга по трассе Р-240 - 35%, Казани (М-7) - 17,9%, Бирского тракта - 17,8% и Шакшинского шоссе - 19,2%. В основном грузовой поток представлен автомобилями типа "Газель" и иными с количеством осей до трех. Грузовые автомобили с тремя и более осями преимущественно движутся в Северную и Лихачевскую промзоны через Бирский тракт и Шакшинское шоссе и со стороны Оренбурга по трассе Р-240.
Автомобильный транспорт вносит значительный вклад в химическое загрязнение воздушного бассейна и в шумовое загрязнение густонаселенных городских территорий, так как главные транспортные магистрали проходят через основные селитебные районы Уфимской агломерации: пр. С.Юлаева, пр. Октября, центр города, Черниковку.
При этом имеются значительные перспективы развития дорожно-транспортной инфраструктуры Уфимской агломерации. Зарезервированы коридоры под строительство магистральной улично-дорожной сети, мостовых сооружений и транспортных развязок. В проектах планировок закладываются транспортные решения с учетом роста населения агломерации, автомобилизации. Наиболее значимые перспективные проекты - завершение строительства основной магистрали общегородского значения непрерывного движения по пр. С.Юлаева с выходом на Бирское направление; строительство моста в Кузнецовском затоне с выходом на ул. С.Кувыкина и строительством транспортной развязки с ул. Пугачева, реконструкцией этой улицы; строительство моста из Демы в Нижегородку с выходом в центр города по ул. Чернышевского.