Основными задачами Агентства являются:
2.1. Формирование долгосрочных планов социально-экономического развития Республики Башкортостан, территорий Республики Башкортостан, оценка эффективности реализации стратегических документов в краткосрочной и долгосрочной перспективах.
2.2. Разработка и реализация государственной политики территориального развития, направленной на обеспечение эффективного использования потенциала территорий и субтерриторий республики для поступательного развития и повышения качества жизни населения.
2.3. Долгосрочное планирование деятельности республиканских органов исполнительной власти и органов местного самоуправления, направленное на обеспечение сбалансированного, комплексного, эффективного функционирования и устойчивого развития хозяйственного комплекса, территорий и республики в целом.
2.4. Анализ и оценка эффективности деятельности республиканских органов исполнительной власти, органов местного самоуправления Республики Башкортостан.
2.5. Формирование и совершенствование системы управления взаимодействием республиканских органов исполнительной власти с органами местного самоуправления Республики Башкортостан по вопросам социально-экономического развития территорий.
2.6. Разработка и реализация государственной политики по формированию и укреплению имиджа Республики Башкортостан на внутреннем (республиканском), российском и международном уровнях.