Основными принципами воспроизводства лесов являются обязательное лесовосстановление на вырубленных площадях и гарях, а также регулируемое лесовосстановление с применением различных способов содействия естественному лесовосстановлению на не покрытых лесом землях.
В целях обеспечения непрерывного восполнения запасов древесины, изымаемых при сплошных и выборочных рубках, а также потерянных в результате пожаров, болезней, воздействия вредителей и других неблагоприятных факторов, ежегодно в Республике Башкортостан за счет средств федерального бюджета, выделяемых в виде субвенций, на конкурсной основе проводятся работы по восстановлению лесов на площади не менее 5,9 тыс. га, а также арендаторами лесных участков по заготовке древесины - на площади 4,5 тыс. га. Приоритетным направлением развития арендных отношений в последующие годы будет заготовка древесины с обеспечением максимального использования расчетной лесосеки, при этом объем лесовосстановления увеличится в 1,2 раза и к 2020 году достигнет 12,8 тыс. га в год.
Увеличение объемов лесопользования потребует проведения мероприятий по восстановлению лесов. В течение 2012 - 2020 годов планируется создание лесных культур на площади 73,8 тыс. га, проведение содействия естественному возобновлению леса и комбинированного лесовосстановления на площади 30,6 тыс. га. Всего за период действия подпрограммы лесовосстановление будет произведено на площади 104,4 тыс. га.
Главным направлением в лесовосстановлении в республике остается решение задач, связанных с повышением качества и продуктивности создаваемых лесных культур, обеспечением расширенного воспроизводства лесов и увеличением лесистости земель государственного лесного фонда, недопущением разрыва между объемами рубок леса и его восстановления.
В целях обеспечения лесовосстановительных работ высококачественными районированными семенами, сохранения ценного генетического фонда, увеличения доли лесных семян, собранных с постоянных лесосеменных участков, используются объекты единого генетико-селекционного комплекса.
По состоянию на 1 января 2014 года на землях лесного фонда на территории Республики Башкортостан находилось 6706,2 га объектов лесного семеноводства, в том числе 742 га постоянных лесосеменных участков, 141,5 га лесосеменных плантаций, 8,3 га маточных плантаций, 14,2 га архивов клонов плюсовых деревьев, 3,9 га испытательных культур, 4621,7 га генетических резерватов, 41,1 га географических культур, 1133,5 га плюсовых насаждений, а также 1101 плюсовое дерево.