Основными задачами Министерства являются:
2.1. Координация и регулирование деятельности в сфере промышленного производства, формирование и проведение инновационной политики в целях создания условий для увеличения и реализации промышленного и научно-технического потенциала Республики Башкортостан.
2.2. Определение приоритетных направлений промышленного развития, разработка и реализация программных документов по развитию видов экономической деятельности, отнесенных к ведению Министерства, формирование программ промышленного сотрудничества с субъектами Российской Федерации и иностранных государств, инвесторами и организациями.
2.3. Определение приоритетных направлений регионального научно-технического и инновационного развития, разработка и реализация концепций, стратегий, программ инновационного развития Республики Башкортостан.
2.4. Участие в реализации мер по развитию и реформированию предприятий оборонно-промышленного комплекса, координация деятельности подведомственных промышленных организаций в выполнении государственного оборонного заказа.
2.5. Участие в осуществлении мер по укреплению экспортного потенциала Республики Башкортостан, содействие развитию экспортно ориентированных и импортозамещающих производств, промышленной кооперации.
2.6. Участие в формировании и реализация совместно с республиканскими органами исполнительной власти мер по социально-экономическому развитию Республики Башкортостан.