3.1. Для более эффективного выполнения поставленных перед заказником задач территория заказника подлежит зонированию.
3.2. В заказнике выделяются три зоны, различающиеся по режиму использования:
1) особо защитная зона (гора Масим), которая включает кварталы 18 и 19 Гадельгареевского участкового лесничества и квартал 135 Бельского участкового лесничества Бурзянского лесничества;
2) зона буферной защиты заповедника "Шульган-Таш" и водосбора карстовой системы пещеры Шульган-Таш (Каповой), которая включает кварталы 58 - 61, 70, 73, 74, 81 - 83, 85, 88 Нугушского участкового лесничества, а также кварталы 1, 6, 11 - 14, 22 - 25, 40, 50, 51, 58, 59, 66 и 67 Гадельгареевского участкового лесничества;
3) зона заказного режима, которая включает всю остальную территорию заказника.