6. На территории заказника устанавливается дифференцированный режим особой охраны по функциональным зонам. Выделение функциональных зон производится исходя из местных, природных, историко-культурных и социальных особенностей, а также в целях сохранения уникальных водно-болотных ландшафтов, редких видов животных и растений, уникальных геологических и гидрологических объектов, регулирования хозяйственного использования территории заказника, повышения эффективности его охраны.
7. На территории заказника устанавливаются следующие функциональные зоны:
зона умеренного природопользования - в границах кварталов 64, 79, 91, 107, 108, 113 и части квартала 116 (расположенной восточнее левого берега реки Сиянга) Каргопольского участкового лесничества (участок Каргопольское) и кварталов 77 - 80, 84 - 88 Печниковского участкового лесничества (участок Печниковское);
особо охраняемая зона - остальная территория заказника.