Планирование, организация и управление системой ООПТ должны основываться на следующих принципах:
1) формирование сети взаимодополняющих ООПТ федерального, регионального и местного значения, используя их возможности и преимущества;
2) уникальность, ценность и необходимость сохранения ООПТ;
3) экологическая устойчивость ООПТ;
4) дифференцированность и соразмерность режимов охраны ООПТ;
5) социальная ориентированность ООПТ;
6) межрегиональная сопряженность ООПТ;
7) достаточность правового регулирования ООПТ;
8) управленческая обеспеченность ООПТ;
9) научная обоснованность ООПТ;
10) множественность источников финансирования, обеспечение реализации целей и задач ООПТ регионального значения преимущественно за счет средств областного бюджета.
Формирование и развитие системы ООПТ должно происходить с учетом природных особенностей, истории освоения, сложившейся системы хозяйственной деятельности и перспектив ее развития.