6. На территории заказника устанавливается дифференцированный режим особой охраны по функциональным зонам. Выделение функциональных зон производится исходя из местных, природных, историко-культурных и социальных особенностей, а также в целях сохранения уникальных биогеоценозов карстовых ландшафтов, редких видов животных и растений, уникальных геологических и гидрологических объектов, регулирования хозяйственного использования территории заказника, повышения эффективности его охраны.
7. На территории заказника устанавливаются следующие функциональные зоны:
зона заповедного режима - в границах кварталов 281 - 286, 294 - 300 Келдинского участкового лесничества Пинежского лесничества;
зона заказного режима - остальная территория заказника.