Одной из наиболее острых проблем является негативное воздействие вод - паводки, наводнения, подтопление и затопление земель, населенных пунктов и объектов экономики. Территория Архангельской области периодически (в отдельных районах - почти ежегодно) подвергается подтоплению и затоплению при паводках. Особенно опасные негативные явления были зарегистрированы в процессе прохождения весеннего ледохода и следующего за ним половодья, а также при прохождении осеннего ледохода. Главная особенность таких наводнений - одновременный охват ими больших площадей и создание чрезвычайных ситуаций с угрозой не только материальным ценностям, экономике территорий, но и жизни людей. Периодически затоплению и подтоплению подвергается 45 населенных пунктов с населением около 23,505 тыс. человек. Наибольшее количество населенных пунктов, подверженных подтоплению, расположены по берегам крупных рек (Северная Двина, Вычегда, Вага, Пинега, Устья, Мезень). Разрушение берегов за пределами населенных пунктов приводит к выведению из землепользования значительных территорий сельскохозяйственных и лесных угодий.
Другим видом негативного воздействия вод является водная эрозия - разрушение берегов водных объектов. На территории Архангельской области разрушение берегов происходит вследствие развития русловых процессов следующих рек: Вычегда, Северная Двина, Вага, Устья, Кокшеньга, Мезень, Пеза. Наибольшую опасность данное явление представляет в населенных пунктах, где разрушение берегов представляет непосредственную угрозу жилым домам, объектам инфраструктуры и промышленности.
Для решения данной проблемы необходима реализация комплекса мероприятий, направленных на предотвращение негативного воздействия вод: строительство защитных сооружений от затопления паводковыми водами, берегоукрепительных сооружений и проведение работ по расчистке и углублению русел рек.