Основные направления охраны водных объектов в настоящее время - обеспечение очистки сточных вод промышленных, сельскохозяйственных и коммунально-бытовых предприятий, ливневых сточных вод с территорий населенных пунктов и промышленных зон, а также обеспечение соблюдения режима водоохранных зон водных объектов.
Подавляющее большинство канализационных очистных сооружений в населенных пунктах Архангельской области были построены в 70-х - 80-х годах прошлого века и представляли собой упрощенные сооружения "сельского" типа - КУ-100, КУ-200 или биофильтры с гравийной засыпкой. В ряде населенных пунктов очистные сооружения канализационных стоков предусматривают проведение только механической очистки. Вследствие технологического несовершенства сооружений, технического устаревания, канализационные очистные сооружения не могут обеспечить нормативы качества очистки стоков, установленные действующим законодательством.
Помимо очистных сооружений, серьезной проблемой являются канализационные сети, находящиеся в неудовлетворительном, а иногда в нерабочем состоянии. Примером тому может служить канализационный коллектор, по которому осуществляется транспортировка канализационных стоков Маймаксанского территориального округа г. Архангельска на очистные сооружения. Из-за разрушения коллектора сточные воды в течение нескольких лет поступают на рельеф местности, а впоследствии - в р. Северную Двину. В период с 2005 по 2010 годы неоднократно происходило загрязнение канализационными стоками р. Юрас из-за аварий на канализационных коллекторах округа Варавино-Фактория г. Архангельска.
В крупных населенных пунктах области - городах Архангельске, Северодвинске, Новодвинске, Котласе и Коряжме обустроены сети ливневой канализации со сбросом ливневых вод в поверхностные водные объекты. Однако данные системы не были снабжены даже простейшими очистными сооружениями. В последнее время в связи с резким увеличением автомобилей в городах существенно увеличилось загрязнение ливневых вод нефтепродуктами. В г. Архангельске ситуация с отведением ливневых вод осложнена тем, что в сети ливневой канализации осуществляется сброс хозяйственно-бытовых сточных вод от части домов жилого фонда города (преимущественно старой застройки в центральной части города).
Постоянно возрастающая интенсивность использования водных ресурсов в технологических циклах и хозяйственно-питьевом водоснабжении может привести к их истощению - как количественному, так и качественному. Ремонт и реконструкция существующих систем водоподготовки и водоочистки во многих случаях уже не приводит к существенному улучшению качества вод, подаваемых для использования и отводимых в водные объекты. Необходима разработка принципиально новых технологий подготовки воды к использованию и очистки сточных вод.
В последнее десятилетие существенно ухудшилось состояние водоохранных зон водных объектов. Связано это с ускорением темпов бесконтрольной коттеджной застройки по берегам рек и озер. Определение границ водоохранных зон и прибрежных защитных полос, а также вынос их на местность позволит предотвратить застройку береговой полосы и загрязнение водных объектов, а также усилить контроль за соблюдением режима использования земель водоохранных зон.