Несмотря на увеличение объема производства сельскохозяйственной продукции за три последних года и некоторое улучшение финансового состояния сельскохозяйственных предприятий, общее положение сельхозтоваропроизводителей в Краснодарском крае остается достаточно сложным.
Основные проблемы развития агропромышленного комплекса края обусловлены высокими ставками налогообложения и кредитов, низкими темпами формирования рыночной инфраструктуры рынков сельхозпродукции и продовольствия, техники, информационных услуг, наличием излишнего числа коммерческих посредников на пути от производителя продукции до конечного потребителя, низкой платежеспособностью оптовых покупателей сельхозпродукции, использованием суррогатных форм взаиморасчетов в хозяйствах, снижением природного потенциала отрасли - плодородия почвы, а также площадей сортовых посевов, поголовья племенного скота.
Сдерживающими факторами развития отрасли являются низкий уровень интенсификации, связанный с неразвитостью материально-технической базы, значительный износ (до 80 процентов) действующего парка сельскохозяйственных машин, высокие цены на новую технику, недостаточное развитие регионального сельскохозяйственного машиностроения и лизинга оборудования и техники в агропромышленном комплексе и другие.
При наличии собственной богатейшей сырьевой базы в край импортируются из-за рубежа и ввозятся из других регионов России продовольственные товары. Уровень развития сельскохозяйственной инфраструктуры (склады, хранилища, холодильники) не обеспечивает на должном уровне сохранности собранного урожая, длительного его хранения и равномерной загрузки предприятий перерабатывающей промышленности.
Неразвитость интеграционных связей сельскохозяйственного производства и переработки приводит к снижению эффективности аграрного сектора и, как следствие, благосостояния сельских жителей.
В ряду важнейших экологических проблем стоят восстановление и повышение рыбопродуктивности Азовского моря. В 80-е годы до 60 процентов улова рыб в Азовском море составляли ценные виды - осетр, судак, лещ и другие. Для увеличения выпуска рыбной молоди необходимо провести реконструкцию рыбоводных заводов, построенных в 60 - 70-е годы.