Интенсивное использование на протяжении многих лет природных ресурсов Краснодарского края, связанное с наращиванием промышленного потенциала, интенсификацией сельскохозяйственного производства, увеличением транспортных потоков, привело к ухудшению экологической обстановки. На территории края осуществляют хозяйственную деятельность, связанную с природопользованием, свыше 14 тысяч промышленных, строительных, сельскохозяйственных и транспортных предприятий, оказывающих негативное воздействие на качество окружающей природной среды. В крае действуют более 2100 недропользователей, 1559 водопользователей, около 100 лесопользователей.
Одной из первостепенных экологических проблем является загрязнение окружающей среды отходами производства и потребления. Ежегодно образуется более 1 миллиона тонн (6 миллионов кубических метров) твердых отходов, в настоящее время их накоплено около 10 миллионов тонн. Свалки твердых бытовых отходов (их более 700) занимают более 2 тысяч гектаров земель, изъятых из сельскохозяйственного оборота, не отвечают нормативным экологическим и санитарным требованиям, являются источником опасных веществ, отравляющих биосферу. Особенно актуальны проблемы утилизации промышленных и бытовых отходов на морском побережье.
Не менее острой является проблема загрязнения окружающей среды сточными водами промышленных предприятий и коммунального хозяйства. Из 189 комплексов очистных сооружений более трети (64,6 процента) не обеспечивают очистку до предельно допустимого уровня. Доля загрязненных стоков, поступивших на очистку и очищенных до нормативного уровня, составляет всего лишь 46 процентов, недостаточно очищенных - 54 процента. Проблема сброса загрязняющих веществ особенно актуальна в связи с состоянием экосистем Черного и Азовского морей, которое за последние годы оценивается как неблагополучное. Анализ данных экологических исследований и мониторинга в акваториях Черного и Азовского морей позволяет сделать вывод, что экологическое состояние прибрежных зон и районов вблизи устьев рек приближается к критическому уровню.