С учетом интеграции России в мировую транспортную систему транспортный комплекс Краснодарского края должен стать важным ее звеном. Вместе с тем существующий уровень развития транспортной инфраструктуры не соответствует современным требованиям. Важнейшим недостатком является высокий износ основных производственных фондов. Значительная их часть эксплуатируется за пределами нормативного срока службы. Вследствие этого существенно ухудшаются показатели безопасности и экономической эффективности работы транспорта, растут транспортные издержки народного хозяйства. Доля убыточных организаций, предприятий в отрасли в 2002 году составила 30,7 процента, сумма убытков этих предприятий - 122,3 миллиона рублей.
Несовершенство налогового, таможенного и валютного законодательства Российской Федерации вынуждает судовладельцев регистрировать транспортный флот под флагами иностранных государств, что приводит к потере налогооблагаемой базы края.
Недостаток в портах Новороссийск и Туапсе специализированных комплексов для переработки угля, удобрений, зерна, контейнерных грузов, жидких химических грузов приводит к тому, что не удовлетворяются потребности государства в перевозках внешнеторговых грузов и отсутствуют возможности переключить потоки российских грузов с портов Украины на порты края. Необходимо дальнейшее развитие портов Темрюк, Кавказ, Ейск.
Развитие портов влечет за собой необходимость соответствующего увеличения пропускной способности припортовых железнодорожных станций, которые не соответствуют перерабатывающим мощностям морских портов.
Растущие объемы грузопотоков требуют реконструкции и строительства автомобильных дорог как федерального, так и регионального значения, а также переоснащения специализированных автотранспортных предприятий. Сегодня износ подвижного состава грузового автотранспорта составляет 80 - 85 процентов.