5.1. Департамент возглавляет директор департамента.
5.2. Директор департамента имеет первого заместителя директора департамента, заместителя директора департамента.
Заместитель директора департамента является начальником отдела правоохранительных органов.
Первый заместитель директора департамента исполняет обязанности директора департамента во время его отсутствия в части руководства департаментом.
Начальник отдела по вопросам региональной безопасности является руководителем аппарата Антитеррористической комиссии Краснодарского края и рабочего аппарата Совета безопасности при главе администрации Краснодарского края.
Директор департамента, первый заместитель директора департамента, заместитель директора департамента назначаются на должность и освобождаются от должности главой администрации Краснодарского края по представлению заместителя главы администрации Краснодарского края, курирующего вопросы внутренней и кадровой политики.
Другие государственные гражданские служащие департамента назначаются на должность и освобождаются от должности заместителем главы администрации Краснодарского края, управляющим делами по представлению директора департамента.
5.3. Директор департамента:
руководит деятельностью департамента, обеспечивает решение возложенных на департамент задач;
определяет функциональные обязанности первого заместителя директора департамента, заместителя директора департамента, начальников отдела департамента, заместителей начальников отделов;
утверждает положения об отделах;
вносит в установленном законодательством порядке предложения о поощрении государственных гражданских служащих департамента и применении к ним мер дисциплинарного воздействия;
подписывает служебную документацию в пределах своей компетенции;
вносит предложения о командировании государственных гражданских служащих департамента в пределах Российской Федерации, согласовывает их выезд в целевые служебные зарубежные командировки.
5.4. Первый заместитель директора департамента, заместитель директора департамента:
по поручению директора департамента представляют заместителю главы администрации, управляющему делами администрации Краснодарского края кандидатуры для назначения на должности государственных гражданских служащих соответствующих структурных подразделений департамента;
по поручению директора департамента вносят заместителю главы администрации Краснодарского края, управляющему делами предложения об освобождении от должности государственных служащих соответствующих структурных подразделений департамента;
подписывают служебную документацию в пределах своей компетенции.
5.5. В отделе по вопросам региональной безопасности и отделе по вопросам помилования ведется самостоятельное делопроизводство.