Принципами организации и функционирования системы экологического мониторинга являются:
1) разработка программы наблюдений в целях получения информации, необходимой для решения определенной экологической проблемы;
2) разработка программы наблюдений и анализа, включаемой в систему экологического мониторинга, в целях мониторинга и решения новых экологических проблем;
3) доступность информации о состоянии окружающей среды (с различной степенью детализации) для представителей федеральных органов государственной власти, органов государственной власти Краснодарского края, органов местного самоуправления, юридических и физических лиц;
4) оперативный анализ данных мониторинга и своевременная передача информации для принятия решений в критических ситуациях при получении экстренной информации;
5) управление состоянием окружающей среды за счет разработки природоохранных мероприятий и мониторинга их выполнения.